死亡率減少効果及び不利益に関する根拠の詳細は各種ガイドラインを参照。

死亡率減少効果の有無を判断する証拠が不十分と判定された検診の実施は、有効性評価を目的とした研究を行う場合に限定することが望ましい。

がん検診の不利益とは、偽陰性や偽陽性だけではなく、病気がある場合でも必ずしも必要ではない精密検査が行われることや、精神的不安、本来必要としない医療費が追加となることなども含む。
また、たとえがんであっても精密検査や治療を受けた結果、予期できない重度の合併症が生じたり過剰診断にあたる場合も不利益とする。ただし、検査による医療事故や過誤そのものは不利益に入らない。

がん検診の利益（死亡率減少効果）に比べ、不利益がどの程度の大きさかを比べる。

死亡率減少効果の有無を判断する証拠が不十分であるため、対策型検診として実施することは勧められない。

がん検診提供者は死亡率減少効果が証明されていないこと、及び当該検診による不利益について十分説明する責任を有する。
任意型検診として実施する場合には、現時点では効果が不明で、効果の有無が明らかになるにはまだ時間を要する状況にあることと不利益について十分説明する必要がある。その説明に基づく個人の判断による受診は妨げない。

化学法に比べて免疫法は感度・特異度ともに同等以上で、受診者の食事・薬制限を必要としないことから便潜血検査は免疫法が望ましい。

安全性を確保するとともに、不利益について十分説明する必要がある。

死亡率減少効果を認めるのは、二重読影、比較読影などを含む標準的な方法を行った場合に限定される。
標準的な方法が行われていない場合には、死亡率減少効果の根拠があるとは言えず、肺がん検診としては勧められない。また、事前に不利益に関する十分な説明が必要である。

HPV検査を含む方法にはHPV 検査単独・HPV検査と細胞診の同時併用法・HPV検査陽性者への細胞診トリアージ法がある。
細胞診によるスクリーニング後にトリアージとして行うHPV 検査は検診ではなく、臨床診断として取り扱われているため本ガイドラインの対象には含まれない。
任意型検診において、特に若年者にHPV検査（単独法）あるいはHPV検査と細胞診の同時併用法を行う場合、若年者には一過性の感染HPV感染率が高いため、慎重な対応が必要である。